(一)对人体的毒性累计作用
由于兽药残留浓度一般很低，加上人们食用数量有限，大多数药物并不能由于残留引起急性中毒，但少数药物如盐酸克伦特罗残留可引起人急性中毒。人们长期摄人含兽药残留的动物性食品后，药物不断在体内蓄积，不会被人体代谢掉，当浓度达到一定量后就对人体产生毒性作用。
(二)引起人体的变态反应
由动物源产品中药物残留引起的变态反应对人体健康的危害性越来越受到公众的关注。当这些抗菌药物残留于肉食品中进入人体后，就使部分敏感人群致敏，产生抗体。致敏个体再接触这些药物或用于治疗时，这些药物就会与抗体结合产生抗原抗体复合物，发生变态反应。在我国，因食用牛奶后出现皮肤过敏和荨麻疹的病例屡见不鲜，这主要是由于治疗奶牛乳腺炎时不遵守弃乳期规定，造成牛奶中药物残留引起的。
(三)致癌、致畸、致突变作用
许多国家规定,在人的食物中不允许含有任何量的已知致癌物。对曾用致癌物进行治疗或饲喂过的食品动物，屠宰时其食用组织中不允许有致癌物的残留。当人们长期食用药物残留的动物性食品时，这些残留物便会对人体产生危害，或在人体中蓄积，*终产生致癌、致畸、致突变作用。 
(四)对胃肠道菌群的不利影响
正常机体内寄生着大量菌群，如果长期与低剂量的抗菌药物残留接触，就会抑制或杀灭敏感菌，耐药菌或条件性致病菌大量繁殖，微生物平衡遭到破坏，使机体易发感染性疾病。
(五)对人体内细菌耐药性增加
近年来，由于抗菌药物的广泛使用,细菌耐药性不断增强，而且很多细菌由单药耐药发展到多重耐药。抗菌药物残留于动物性食品中，同样使人也与药物接触，导致人体内耐药菌增加，给临床诊治疾病带来困难。
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